下图显示了 3.9.1.1 版的 WRF-Chem 模型系统流程图。 如图所示，WRF-Chem 模型系统由以下主要程序组成，其结构与 WRF 模型相同：
- WRF 预处理系统（WPS）
- WRF-Var 数据同化系统
- WRF 求解器（仅限 ARW 核心），包括化学模块
- 后处理和可视化工具
与常规 WRF 的区别来自于模型的化学部分，需要向其提供与排放有关的额外网格输入数据。 此附加输入数据可以由 WPS（粉尘排放场）提供，也可以在 real.exe 初始化期间读取（例如，生物质燃烧，生物排放，GOCART 背景场等），或者在 WRF 求解器运行过程中读取（例如，人为排放，边界条件，火山排放等）。 而且，尽管提供了一些程序来尝试帮助用户生成这些外部输入数据文件，如前所述，并非所有排放选择都被设置为可用于与 WRF-Chem 模型相关的所有可能的 namelist 选项。 换句话说，用于模拟大气化学状态的排放输入数据的生成可能非常复杂。 有时，用户将需要修改代码或模型配置，以使其对他们的项目正常运行。 有关排放输入的更多信息，请阅读 WRF-Chem 排放指南。
